mns2012

Автор: химик James Tour (профессор, Rice University, USA).

Самые интересные серии:

Chiral Induced Spin Selectivity - объяснение необходимости гомохиральности биологически важных молекул. Гомохиральность обеспечивает спиновую селективность интерактома, дающую возможность течения реакций с нужной точностью и с максимальным выходом.

Cell Construction and Assembly Problem (part 1 and part 2) - проблемы сборки, репликации и пр.

Проблема хранения и обработки биологической информации в лекциях не затрагивалась. Этим вопросам автор обещал посвятить особый цикл видео-лекций. Здесь же рассматривались лишь чисто химические проблемы искомого лабораторного синтеза живых систем.

Что понравилось:

Почерпнул для себя очень много конретного материала: термодинамика, химия синтеза как таковая, парадокс белковой укладки (Levinthal), парадокс интерактома (aka Levinthal 2.0), проблемы сборки элементов всех задействованных в биохимии типов органических соединений -- углеводов, липидов, белков и нуклеотидов, -- проблемы сборки клетки.

Хорошо подана (в сериях 12.1 и 12.2) критика аргумента, рассчитанного на массового зрителя: "всё стартовало с простого и постепенно усложнялось".
- Мы можем изучать то, что есть, и не можем то, что могло бы быть. Поэтому конкретным и серьёзным разговор может быть только при анализе в обратную сторону: упрощение до возможного минимума уже имеющейся на сегодня жизни.
- Подобное упрощение приводит к минимальной структуре, которая требует наличия того-то и того-то (далее длинный список минимально необходимых функций и структур -- простейший метаболизм, мембрана и репликационный цикл). То, что остается (по оценке в литературе, 206 генов), -- минимально необходимо для функционирования клеточной формы жизни.
- Ничего из набора минимально необходимых функций и структур для их обеспечения, на сегодня никто не способен синтезировать в добиологическом контексте. Не покупайтесь на хайп. То, что сделал Крейг Вентер, не нужно переоценивать: он синтезировал геном и вживил его в готовую клетку, не занимаясь обеспечением совместимости интерактома хозяина и продуктов белкового синтеза ДНК-имплантанта. Это серьезный эксперимент, и тем не менее, это далеко не синтез жизни, о чём кое-кто уже рапортует в прессе.
- Результаты современных абиогенных исследований проблематичны. К числу тяжелых проблем, ставящих под сомнение релевантность предложенных методов синтеза, относятся: малый выход реакций и рацемичность требуемого компонента (присутствие в смеси более одного стереоизомера).
- Добиотический контекст определяется следующими требованиями:
  - Синтез не должен быть релейным, когда желаемый компонент на очередном этапе синтезируется в составе смеси с другими компонентами, тогда как для последующих этапов этот самый компонент просто берётся из магазина, а проблема очистки и выделения требуемого стереоизомера из рацемической смеси просто игнорируется.
  - Стартовые реагенты не должны быть выделены из уже существующих живых организмов, в которых они присутствуют в требуемой пространственной форме. В настоящее время только такие компоненты удовлетворяют требованию гомохиральности, поэтому они и используются, что перечеркивает весь предлагаемый синтез как не удовлетворяющий требованиям, предъявляемым к абиогенному синтезу.
- Тезис о начальной простоте -- это всего лишь полемический приём и нефальсифицируемое утверждение. Пусть те, кто говорят, что это просто, возьмут и продемонстрируют эту простоту, наконец, не игнорируя при этом ни одной из перечисленных проблем и ни одного требования.

Автор верно характеризует степень тяжести проблемы абиотического синтеза: проблема является динамической, когда по мере выяснения деталей и решения этапных задач цель удаляется быстрее, чем мы к ней движемся.

Последовательная критика гипотезы РНК мира. Кстати, интересно, что качество репликации РНК, достигнутой в лабораторных условиях, сильно преувеличено. По большому счёту, репликация на практике не идёт. Зато хайпа хоть отбавляй: завтра синтезируем жизнь.

Что не понравилось:

Выпячивание личной религиозности: не нужно было вставлять молитву в видеоряд (в начале каждой серии), а также в аудио (серия 13, вступление). Это такая нео-протестантская особенность, не очень приятная. У них считается это свидетельством. Молитва нужна не для рекламы. По Евангелию, нужно, напротив, затвориться "в свою клеть" и Бог, "видящий тайное, воздаст тебе яве". Клетью может быть, в прямом смысле, келья, но, в самом важном отношении, -- это сердце человека. Нельзя это делать напоказ, когда то, что ты делаешь, "утучняется навозом похвал", как говорят свв.отцы.