mns2012 | Entries tagged with tour

Expand Cut Tags

No cut tags

Проблемы синтеза базовых органических соединений, проблема информации, генетический код, интерактом, хайп, некомпетентность ютуберов-популяризаторов

Сам диспут меня разочаровал. Я ожидал большего. Они ругались практически всё время. Что Фарина -- горлопан, было ясно и так, но модератор должен был делом заниматься, а не ворон считать. Да и Тур тоже орал всё время.

Но вот комментарии под видео квалифицированный народ добавляет интересные. И, кстати, не в пользу Фарины. Там есть химики со степенью. Короче, Фарина выдаёт желаемое за действительное, Тур, по большому счёту, прав. Нет никакого связного нарратива OOL, и с течением времени ситуация всё хуже.

Вот, например:
---
I have a PhD in synthetic organic chemistry from a world class synthetic group and have published extensively. My view is that the origin of life research so far hasn’t proven to any convincing degree how life came about under prebiotic conditions. Chemistry is done under carefully controlled conditions and then you have to purify your product before the next synthetic step. Otherwise you will end up with an intractable mixture of many products. The next step would be even worse.

Это надо смотреть. Второй сезон ))

Я понимаю, почему они его ненавидят.

( Read more... )

Так что, научно-популярный эпос о воображаемом постепенном возрастании сложности на пути от органической химии до живой клетки, -- это, как говорят англичане, дымовая завеса, не имеющая под собой ничего общего с реальностью.

Уже первая жизнь должна была удовлетворять требованию хиральной чистоты. Дж. Тур ссылается в этом отношении на исследования группы Рона Наамана.

Molecular Electronics, Ron Naaman's Group, https://www.weizmann.ac.il/chembiophys/naaman/home

Тур перечисляет проблемы абиогенного синтеза, говорит о своей мотивации, дает характеристику исследованиям в этой области химии. Мне интересен его энтузиазм в отношении решения проблемы абиогенного синтеза. Не смотря на свою уверенность в успехе исследований, он отмечает, что, для того, чтобы начать двигаться в правильном направлении, нужно чётко осознать текущее положение дел и исправить его. Пока этого нет, открытия, которые происходят каждый день, фактически удаляют нас от цели: цель предстаёт перед нами всё более недостижимо сложной. Никто из современных абиогенезников, по его мнению, не станет даже рассматривать, например, проблему синтеза интерактома. Для этого нужно признать, что ты всю жизнь делал не то, что надо. Это не каждому по силам.

Кстати, Тур не один такой выискался. Он называет ещё имена критиков современного состояния абиогенеза. Их работы просто игнорируются основной массой. Он не без иронии отмечает, что он опубликовал 5 статей только в области химии происхождения жизни, что на пять статей больше, чем в среднем по аудитории, на которую вещают популяризаторы абиогенеза (если что, у Тура сотни публикаций за 45 лет работы в органической химии).

Очень интересная передача. Ведущий из Глазго ). Я вычислил по акценту, правда не настолько точно, как это бы сделал профессор Хиггинс.

Когда речь зашла о лорде Кельвине, ведущий упоминает парк с памятником Кельвину около главного корпуса университета. Знакомое и любимое место. Я всегда думал, что мысль, которую приводит Тур в конце (что радикально новая теория побеждает в науке не научным путем, а просто потому что сторонники старого умирают), принадлежала М. Планку.

Автор: химик James Tour (профессор, Rice University, USA).

Самые интересные серии:

Chiral Induced Spin Selectivity - объяснение необходимости гомохиральности биологически важных молекул. Гомохиральность обеспечивает спиновую селективность интерактома, дающую возможность течения реакций с нужной точностью и с максимальным выходом.

Cell Construction and Assembly Problem (part 1 and part 2) - проблемы сборки, репликации и пр.

Проблема хранения и обработки биологической информации в лекциях не затрагивалась. Этим вопросам автор обещал посвятить особый цикл видео-лекций. Здесь же рассматривались лишь чисто химические проблемы искомого лабораторного синтеза живых систем.

Что понравилось:

Почерпнул для себя очень много конретного материала: термодинамика, химия синтеза как таковая, парадокс белковой укладки (Levinthal), парадокс интерактома (aka Levinthal 2.0), проблемы сборки элементов всех задействованных в биохимии типов органических соединений -- углеводов, липидов, белков и нуклеотидов, -- проблемы сборки клетки.

Хорошо подана (в сериях 12.1 и 12.2) критика аргумента, рассчитанного на массового зрителя: "всё стартовало с простого и постепенно усложнялось".
- Мы можем изучать то, что есть, и не можем то, что могло бы быть. Поэтому конкретным и серьёзным разговор может быть только при анализе в обратную сторону: упрощение до возможного минимума уже имеющейся на сегодня жизни.
- Подобное упрощение приводит к минимальной структуре, которая требует наличия того-то и того-то (далее длинный список минимально необходимых функций и структур -- простейший метаболизм, мембрана и репликационный цикл). То, что остается (по оценке в литературе, 206 генов), -- минимально необходимо для функционирования клеточной формы жизни.
- Ничего из набора минимально необходимых функций и структур для их обеспечения, на сегодня никто не способен синтезировать в добиологическом контексте. Не покупайтесь на хайп. То, что сделал Крейг Вентер, не нужно переоценивать: он синтезировал геном и вживил его в готовую клетку, не занимаясь обеспечением совместимости интерактома хозяина и продуктов белкового синтеза ДНК-имплантанта. Это серьезный эксперимент, и тем не менее, это далеко не синтез жизни, о чём кое-кто уже рапортует в прессе.
- Результаты современных абиогенных исследований проблематичны. К числу тяжелых проблем, ставящих под сомнение релевантность предложенных методов синтеза, относятся: малый выход реакций и рацемичность требуемого компонента (присутствие в смеси более одного стереоизомера).
- Добиотический контекст определяется следующими требованиями:
  - Синтез не должен быть релейным, когда желаемый компонент на очередном этапе синтезируется в составе смеси с другими компонентами, тогда как для последующих этапов этот самый компонент просто берётся из магазина, а проблема очистки и выделения требуемого стереоизомера из рацемической смеси просто игнорируется.
  - Стартовые реагенты не должны быть выделены из уже существующих живых организмов, в которых они присутствуют в требуемой пространственной форме. В настоящее время только такие компоненты удовлетворяют требованию гомохиральности, поэтому они и используются, что перечеркивает весь предлагаемый синтез как не удовлетворяющий требованиям, предъявляемым к абиогенному синтезу.
- Тезис о начальной простоте -- это всего лишь полемический приём и нефальсифицируемое утверждение. Пусть те, кто говорят, что это просто, возьмут и продемонстрируют эту простоту, наконец, не игнорируя при этом ни одной из перечисленных проблем и ни одного требования.

Автор верно характеризует степень тяжести проблемы абиотического синтеза: проблема является динамической, когда по мере выяснения деталей и решения этапных задач цель удаляется быстрее, чем мы к ней движемся.

Последовательная критика гипотезы РНК мира. Кстати, интересно, что качество репликации РНК, достигнутой в лабораторных условиях, сильно преувеличено. По большому счёту, репликация на практике не идёт. Зато хайпа хоть отбавляй: завтра синтезируем жизнь.

Что не понравилось:

Выпячивание личной религиозности: не нужно было вставлять молитву в видеоряд (в начале каждой серии), а также в аудио (серия 13, вступление). Это такая нео-протестантская особенность, не очень приятная. У них считается это свидетельством. Молитва нужна не для рекламы. По Евангелию, нужно, напротив, затвориться "в свою клеть" и Бог, "видящий тайное, воздаст тебе яве". Клетью может быть, в прямом смысле, келья, но, в самом важном отношении, -- это сердце человека. Нельзя это делать напоказ, когда то, что ты делаешь, "утучняется навозом похвал", как говорят свв.отцы.

Нашел занимательное чтение для себя. Это отклик на критику тезисов Стивена Майера, известного ID-шного автора. Очень советую посмотреть. Там целая серия записей.

Есть некто мистер Дэйв Фарина, достаточно популярный ютубер, который время от времени разражается "критикой" по поводу ID и конкретных известных сторонников ID. Я знаю о нем, потому что он выступал против тезисов проф. химии Дж. Тура. Дж.Тур посвятил ответам на его критику целый цикл видео "Абиогенез и распространённые заблуждения". Замечу, что Тур -- специалист по органической химии и материаловедению (Rise University, USA), автор множества патентов и учредитель целого ряда компаний, раскрутившихся на основе его изобретений. Самое знаменитое его изобретение -- нанокары, одномолекулярные машины, движущиеся под действием света на гладких поверхностях. Посмотрите статью в википедии о нанокарах. Это что-то.

Дж. Тур "Абиогенез и распространённые заблуждения". Серия 1.

С Туром понятно, а кто же такой Дэйв Фарина? Этот кадр вел школьный курс химии, кажется, что-то около семестра. Но у него нет даже университетского диплома по предмету, не говоря уже об учёной степени. В принципе, не стоило бы и внимания обращать на него и на всю его так наз. критику. Но здесь есть одно обстоятельство. Бывает, что обиженные на судьбу люди ведут себя очень активно. Раньше у нас они бы строчили в газеты, теперь каждый такой деятель может публиковать свои "записи на заборе", используя интернет. Проблема в том, что вредоносный эффект такого творчества в смысле просвещения масс многократно увеличивается с использованием современных веб-технологий. К сожалению, вот этот вот мистер Фарина достаточно популярен, что уже говорит о плачевном состоянии массового образования. Поэтому на него и обращают внимания специалисты типа Тура: нужно просвещать аудиторию. Не знаю уж, как насчёт просвещать самих таких вот мистеров Фарин, по-моему, там хоть кол на голове теши, но аудитория -- дело другое.

Основная причина здесь кмк вовсе не химия. Главное -- вера в Бога. Такого вот недоучку мистера Фарину начинает колбасить оттого, что есть специалисты по химии, физике, математике, биологии, которые не только веруют в Бога, но, о мракобесие, говорят аудитории о своей вере как о чём-то, гармонично согласующемся с их профессиональной деятельностью.