Это разные понятия.
"Онтологический" - про то, что существует.
"Методологический" - про то, как делать то или иное (например, как проводить научное исследование, что считать научным объяснением и т.д.).
Онтологический (метафизический) натурализм мне представляется непоследовательным, поскольку вопрос о существовании Х уже предполагает нечто нематериальное (какие-то формальные понятия, представления о мире). Поэтому либо нужно признать, что кроме материального существует нематериальное и тем самым отказаться от онтологического натурализма как от ложной философии, либо признать, что не существует не только предмета обсуждения, но и самого обсуждения как такового и тем самым также отказаться от онтологического натурализма на том основании, что это переливание из пустого в порожнее.
Если материя -- это всё, что есть, то без попадания в порочный круг невозможно обосновать логику, которой приверженец онтологического натурализма нелегитимно пользуется как данностью. Обосновывать логику сторонник натурализма обязан только через движение материи и никак иначе. Однако прежде чем обосновывать что-то чем-то, нужна логика, которую ему-то и нужно обосновать. Это классический порочный круг.
Текст этой записи ЖЖ можно передать разными физическими средствами:
- записать в память на сервере, прочитать из памяти и отобразить на мониторе средствами веб-браузера;
- написать чернилами на бумаге;
- сурдопереводом;
- выбить на камне;
- ...